واضح است که چنانکه گزارشی از نظر روش‌شناسی مورد تأیید نباشد نمی‌توان به نتایج حاصل از آن اعتماد کرد. فارغ از چگونگی انتخاب مؤلفه‌ها و قدرت توضیح‌دهندگی این مؤلفه‌ها در خصوص امنیت سرمایه‌گذاری، متخصصین امر بر این موضوع اذعان دارند که در تحقیقات مبتنی بر پرسشنامه فرآیند انتخاب نمونه، حجم آن و ... از اهمیت بسزایی برخوردار است تا در حد امکان بتوان پاسخ‌های اخذ شده از نمونه را به کل جامعه تعمیم داد.
از نظر متغیرهای آماری نیز متغیرهای تعریف شده در برخی گزارش‌ها، نمی‌تواند معیار مناسبی برای ارزیابی امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها باشد. به عنوان مثال معیار چکهای برگشتی برای استان‌ها به صورت «اين مؤلفه براساس نرخ اعلامي تحت عنوان شاخص مطالبه وجه چک به ازاي هر 100 هزار نفر جمعيت در هر استان» تعریف شده است. احتمال برگشت چک برای استانی که فعالیت‌های اقتصادی بالاتری دارد بیشتر است. جمعیت بالای هر استان الزاماْ به مفهوم نیاز بیشتر آن استان به صدور چک نمی‌باشد. در این خصوص معیاری مانند درصد چکهای برگشتی به چکهای صدور شده بهتر می‌توانست امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها را ارزیابی نماید تا درصد چکهای برگشتی به ازای جممعیت استان. در نهایت اعتبار گزارش علمی از میزان توانایی آن در توضیح واقعیات و موجود و مشاهدات میدانی قابل ارزیابی است. تمام موارد فوق حاکی از این است که مطالعه پایش امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها نه از نظر متدلوژی و نه از نظر توضیح واقعیات موجود و توضیح تفاوت بین استان‌ها از نظر عملکرد اقتصادی و سرمایه‌گذاری قابل اعتماد و اتکا نبوده و نمی‌تواند مبنای مناسبی برای ارزیابی استان‌ها و تصمیم‌گیری باشد
- عدم شفاف سازی از چگونگی انتخاب مؤلفه‌ها و قدرت توضیح‌دهندگی این مؤلفه‌ها در خصوص امنیت سرمایه‌گذاری؛
- عدم توجه به وضعیت اقتصادی استان‌ها از لحاظ تعداد فعالان اقتصادی، سهم از GDP، تعداد کارگاه‌های صنعتی و ... در نمونه‌گیری‌های صورت گرفته؛
- متغیر بودن میزان مشاركت فعالان كسب وكار در پايش مزبور در دوره‌های مختلف و تاثیر آن بر نتایج حاصله؛
- لزوم کسب حد نصاب نمونه تعیین شده در کل کشور برای تعمیم نتایج مطالعه مزبور به کل فعالان اقتصادی و مقایسه روند تغييرات استاني (با توجه به اينكه حدنصاب آماري براي كل كشور حاصل نشده، اما براي برخي از استان‌ها بيش از تعداد مورد نياز پاسخ دريافت شده و براي برخي از استان‌ها بنابه دلايل متعدد حدنصاب تعيين شده حاصل نشده است، لذا استنتاج و تحليل قطعي از يافته‌هاي اين پايش تا زمان دستيابی سطح اطمينان آماري حداكثري و آن هم براي تمامي استان‌ها باید با احتياط و دقت صورت گيرد)؛
- نامناسب بودن متغیرهای تعریف شده آماری به عنوان معیار صحیح ارزیابی امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها (به‌عنوان مثال معیار درصد چکهای برگشتی به ازای جمعیت استان براساس نرخ اعلامي تحت عنوان شاخص مطالبه وجه چک به ازاي هر 100 هزار نفر جمعيت در هر استان تعریف شده که احتمال برگشت چک برای استانی که فعالیت‌های اقتصادی بالاتری دارد، بیشتر است اما جمعیت بالای هر استان لزوماً به مفهوم نیاز بیشتر آن استان به صدور چک نمی‌باشد. به نظر می‌رسد معیاری مانند درصد چکهای برگشتی به چکهای صدور شده بهتر می‌توانست امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها را ارزیابی نماید)؛
- عدم توجه به نبود نقش معنی‌دار استان‌ها در تصمیم‌گیری‌های کلان و وابستگی به سیاست‌های مرکز در برخی از شاخص‌های مورد ارزیابی (بخشی از مشکلات و شاخص های مورد نظر در گزارش اساسا ملی است و ارتباطی با استان ندارد از قبیل ثبات نرخ ارز، ثبات قوانین و مقررات و عمل مسئولان ملی به وعده‌ها و بخشی از مشکلات نیز بین‌المللی بوده که در غالب استان‌ها مشابه می‌باشد که در گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس، به عنوان سنجه‌ای برای اندازه‌گیری امنیت سرمایه‌گذاری مورد استفاده قرار گرفته در حالی که نمی‌توانند تفاوت استان‌ها را از نظر امنیت سرمایه‌گذاری توضیح دهند)؛
- یکسان و هم‌پوشا نبودن و عدم تایید نتایج حاصل از گزارش پایش امنیت سرمایه‌گذاری به تفکیک استان‌ها و حوزه‌های کاری (مرکز پژوهش‌های محلس شورای اسلامی) با گزارش پایش ملی محیط کسب‌وکار ایران (منتشره مرکز پژوهش‌های اتاق ایران) با توجه به هم‌پوشا و مشابه بودن متغیرهای مورد بررسی در دو گزارش؛
- عدم همخوانی نتایج گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با وضعیت موجود اقتصادی استان‌ها (بدیهی است که اعتبار گزارش علمی براساس میزان توانایی آن در توضیح واقعیات موجود و مشاهدات میدانی قابل ارزیابی است)
- ناهمخوانی وضعیت استان‌های برتر و استان‌های نسبتاً نامناسب از نظر شاخص امنیت سرمایه‌گذاری در مقایسه با شاخص‌های اقتصادی استان‌های مزبور (به عنوان مثال: عدم تفاوت ارزش سرمایه‌گذاری کارگاه‌ها در دو استان خراسان جنوبی با رتبه اول و استان ایلام با بدترین رتبه از نظر شاخص امنیت سرمایه‌گذاری؛ رقم ناچیز میزان سرمایه‌گذاری در کارگاه‌های 50 نفر کارکن و بیشتر استان خراسان جنوبی نسبت به استان‌های تهران و آذربایجان‌شرقی؛ رقم پایین تولید ناخالص داخلی استان خراسان جنوبی در مقایسه با سایر استان‌ها، 3 برابر بودن ارزش سرمایه‌گذاری در کارگاه‌های صنعتی استان تهران در مقایسه با مجموع رقم سه استان برتر خراسان جنوبی، سمنان و همدان از نظر شاخص امنیت سرمایه‌گذاری)
- تناقض در وضعیت جذب سرمایه‌گذاری خارجی در مقایسه با نتایج حاصل از گزارش مزبور (بررسي چند مطالعه اخير نشان مي‌دهد که استان‌هاي سيستان و بلوچستان و آذربايجان غربي و خراسان جنوبي مکرراً از ارزيابي مناسبي برخوردار بوده‌اند و استان‌هاي تهران و کهگيلويه و بوير احمد و ايلام مکرراً ارزيابي نامناسبي در مؤلفه‌هاي آماري شاخص امنيت سرمايه گذاري به خود اختصاص داده‌اند. این در حالی است که تهران جاذب همه سرمایه‌های ملی به سمت خود است! و این یک پارادوکس مي‌باشد که باید برای آن مطالعه و تحليل انجام شود)
تمام موارد فوق حاکی از این است که مطالعه پایش امنیت سرمایه‌گذاری استان‌ها نه از نظر متدلوژی و نه از نظر توضیح واقعیات موجود و توضیح تفاوت بین استان‌ها از نظر عملکرد اقتصادی و سرمایه‌گذاری منتشر شده از طرف برخی رسانه‌ها قابل اعتماد و اتکا نبوده و نمی‌تواند مبنای مناسبی برای ارزیابی استان‌ها و تصمیم‌گیری باشد.